Para empezar, encontramos algunos fallos tales como que Spock en la película dice que los vulcanianos no mienten. Si revisionamos el capítulo de la tercera temporada de la serie original llamado "La telaraña tholiana", al final del mismo Kirk pregunta a Spock y McCoy si vieron el video con sus últimas órdenes en caso de que a él le pasara algo, cosa que sí hicieron y que ambos niegan al final del episodio.
En el guión original Spock no hacía nada, y Nimoy dijo que un personaje debe estar en la historia por algúna razón, si no, no tiene porqué estar y debía ser descartado. Ni tampoco gustó a Nimoy que Spock seguía a Sybok y le digo a los guionistas que ellos podrían escribirlo, pero que él no lo representaría. Hay ocasiones en que personajes como Kirk no se comportan como deberían o han tenido un cambio drástico en su personalidad por culpa de los guionistas. No hay más que ver a Kirk pidiendo a Spock que dispare a sangre fría y a quemarropa contra Sybok (hermano de Spock). El Kirk de la serie jamás haría eso, no es tan bestia, ni tiene tan poco respeto por la vida. Sybok según el guión original debía llamarse Zar y no era hermano de Spock, sino que ambos se habían conocido en un seminario. Este personaje iba a ser interpretado por Sean Connery pero estaba ocupado con el rodaje de "Indiana Jones y la última cruzada". El nombre de Zar luego ha sido usado para el libro "el hijo del ayer" de Star Trek, que es el hijo que tiene Spock cuando conoce a Zarabeth del capítulo "Todos nuestros ayeres" de la serie original. El poema que recita Kirk "todo lo que pido es una gran nave y una estrella que la guíe" se llama Sea Fever y es de Jhon Masefield, aunque McCoy se equivoca y dice ser de Neville. La canción que suena cuando Uhura baila como medida de distracción en la escena de la batalla es "The moon's a window to heaven" y en principio la iba a hacer la propia Nichelle Nichols (Uhura) pero en el último momento se decidió que lo hiciera la cantante Hiroshima.
Supuestamente la nave se iba a encontrar con Dios en el guión, pero eso no convenció a los guionistas aparte de Shatner e hicieron que Dios fuera un alienígena disfrazado. De hecho podemos ver esto en los créditos finales, que hay una persona en el reparto en el apartado "Aliens". Además hay dos personajes que nos convencen de que esa cara que se hace pasar por Dios no lo es. Uno es Kirk que dice "¿Por qué Dios (si es todopoderoso) necesita una nave?", y McCoy que dice que no podía creer en un Dios que inflingía castigo y dolor, al ver como disparaba rayos por los ojos a Spock y Kirk. Esta identidad alienígena tratará de engañar a nuestros amigos en su primera aparición con imágenes: un dios primitivo, un dios griego como Zeus, un dios africano, oriental como Buda, el dios Klingon y el dios judeo-cristiano. Una idea muy parecida de un ser que con sus palabras "lavaba" el cerebro como hace Sybok también salió en el libro 14 de Star Trek "Motín en el Enterprise".