En un principio el personaje del topo Alejandro Jodorowsky, cabalga por el desierto acompañado de su niño interior Brontis Jodorowsky, (otra metáfora), y después de haber enterrado en la arena los símbolos de protección de la infancia comienzan su andadura por tierras inhóspitas, el propio viaje iniciático. Luego tienen lugar diferentes luchas, todas ellas representando la necesidad de aniquilar el ego para poder conectar con nuestro ser, luchas tales como con un coronel y sus 4 adeptos, destruyéndolo totalmente hasta incluso su sexualidad. Luego se va con la bella mujer esclava del coronel dejando al niño interior abandonado, con el consiguiente enfado del mismo como se verá posteriormente, para sumergirse en otras 4 batallas con diferentes maestros, para demostrar que es el mejor pistolero a la mujer, matándolos a todos a pesar de saber que eran seres nobles y de haber recibido sabios consejos de los mismos sólo para dejar satisfecha a la mujer. Cuando el topo reacciona y se da cuenta de que ya no es esclavo de sus padres, ni de los condicionamientos internos representados por el coronel, sino que ahora lo es de los externos que representa la mujer, la abandona continuando su viaje en solitario. Después llega a un lugar donde siente empatía por una serie de seres deformes que en mi opinión simbolizan el haber trascendido ya el mundo de la apariencia, y en contraposición a estos seres, la gente del pueblo se muestra totalmente inconsciente, sumergida en las apariencias, la belleza, en las pautas de comportamiento de la sociedad y de la iglesia con su consecuente dualismo moral. El amor verdadero nace para el topo con uno de estos seres deformes, y engendran un hijo. Finalmente se encuentra con su niño interior ya hecho un hombre, el cual trata de destruirlo al reconocerlo por lo dolorido que está por el anterior abandono, pero el topo ya evolucionado continúa su propósito. Para de por último y tras una serie de sucesos, llegar a matarse quemándose a si mismo, simbolizando con ello haber conseguido la purificación total a través del fuego, para luego poder ser uno de nuevo y en paz con el niño interior. Creo que el que se aleja cabalgando del lugar junto a la mujer y su hijo recién nacido, no es el niño interior sino el propio topo que emprende un nuevo camino dejando atrás toda esa miseria. El camino del ser iluminado y consciente de su naturaleza divina, el amor.
Evidentemente omito multitud de pequeños mensajes y simbolismo de los cuales está repleto el film, tratando sólo de reflejar lo que en mi opinión es a grandes rasgos el mensaje principal que quiere transmitir Jodorowsky con esta gran obra, y deseando que al menos a alguno de los lectores le sea útil mi interpretación, aunque probablemente a otros inevitablemente les pareceré tan flipada como Jodorowsky. En fin, cest la vie.