La serie animada, por más que tuviera el nombre de los cómics, su contenido cambió mucho (igual que pasó con 'Love Hina'). Expongamos algunos ejemplos:

-En los cómics, podemos observar qué es y cómo es la fortaleza de Kandrakar, lugar en el centro del metaverso de donde proceden los poderes de los elementos y el Corazón de Kandrakar; en la serie animada se la menciona, pero no llega a verse en ningún momento.

-En los cómics, nuestras cinco protagonistas cambian de vestuario; en la serie animada SIEMPRE van con la misma ropa (en muy pocas ocasiones lo cambian).

-En los cómics, las cinco chicas tienen personalidades y complexiones distintas que las hacen únicas: Will es la líder, es algo tímida y suele vestir ropa deportiva; Irma es la chistosa y la más rellenita; Taranee es la miedosa; Cornelia es la pija y seria; y Hay Lin es la despistada pero creativa y la más delgada del grupo. En la serie animada, sus personalidades resultan ser algo planas y todas, a excepción de Cornelia, tienen la misma complexión.

-En el cómic, Caleb es un rebelde noble y leal que anhela la libertad de Meridian. En un principio pertenecía a la corte de los Murmurantes del príncipe Phobos, pero se rebeló contra su creador. En la serie animada, Caleb es un humano de Meridian que resulta ser hijo de Nerissa, además de ser un personaje muy chulo y creído (muy Poochie, como se le dice a día de hoy). La única similitud es que ambos se enamoran de Cornelia, aunque de distintas formas.

-En los cómics, la madre de Will (Susan) suele ser representada como una mujer trabajadora (es ejecutiva de una multinacional) y una madre que, a pesar de enfadarse, discutir y/o castigar a su hija por cosas como planes cancelados o citas inesperadas (Susan empieza a salir con Dean Collins, el profesor de Historia de Will, sólo quiere lo mejor para ella. En la serie animada, Susan es bastante despistada y alegre, algo totalmente diferente e inexplicable.

-Matt Olsen (el novio de Will) es un año mayor que Will, sabe de veterinaria (su abuelo regenta una tienda de mascotas) y toca y canta en el grupo de Rock Cobalt Blue. En la serie animada, se le representa con pelo largo azulado e imberbe (en el cómic lo tiene castaño y tiene perilla) y va a la misma clase que Will y Cornelia además de que su grupo se llame Wreck 55.

-Uriah, el matón del instituto Sheffield, suele tener muchas apariciones en el cómic, realizando todo tipo de gamberradas (fuegos artificiales en una calabaza, intento de quemar unos billetes de avión, intento de pegar a Martin); en la serie animada, sólo está como supuesto recurso cómico.

-Blunk es una mezcla entre Jar Jar Binks de 'La Amenaza Fantasma' y Gollum de'El Señor de los Anillos': un vano intento de ser el alivio cómico pero que acaba siendo cansino hasta la saciedad.

-En el cómic, Nerissa, al rejuvenecer, va vestida con una toga de color lavanda y en su mano lleva un cetro con un corazón de Kandrakar roto tallado, símbolo de su rebelión a los sabios del metaverso; en la serie, va vestida con un traje morado y alas similar al de las W.I.T.C.H.

-En el cómic, las chicas pueden transformarse a voluntad; en la serie, sólo cuando Will saca el amuleto mágico.

-En el cómic, Yan Lin (abuela de Hay Lin y anterior guardiana de la muralla) fallece en el segundo capítulo pero su alma se queda en la fortaleza de Kandrakar cuidando y ayudando a las W.I.T.C.H. en todo lo posible. En la serie, Yan Lin funciona más como una mezcla de Splinter y Zordon.