La filosofía de la franquicia la vemos por todos lados. Cuando Shinzon está moribundo, a pesar de todo el mal que está haciendo, Picard cuando se entera dice al médico de la nave: "¿Se puede hacer algo por él?". Cuando Data trata de rescatar a su capitán al haber sido capturado Data dice que tiene un dispositivo que permite que uno de los dos escape teletransportándose a la nave, y pide al capitán que huya pero Picard dice que no, que "huirán juntos", no le abandona. Data en la escena final se sacrifica por sus amigos. Son todo ejemplos de nobleza, de bondad humana (o no) de los que debería aprender ST XI. La psicología androide además está muy bien hecha: no entiende por ejemplo ese afán por los humanos de ir en coches a velocidades "poco seguras", o como en la novela del mismo nombre, esa especie de sentimiento que se produce a la vez de alegría y tristeza y como se pueden sentir ambas sensaciones a la vez. (Alegría que tiene Picard porque una pareja se casa, pero tristeza porque esas personas dejarán de estar en la nave) siendo ambas sensaciones a priori incompatibles.
Sobre el racismo: Shinzon odia a los romulanos porque lo trataron como esclavo, le daban de latigazos y de hecho, se ve en sus contestaciones despectivas dichas siempre por el nombre de la raza no por el nombre del sujeto (silencio romulano) o lo que le dice a la romulana Donatra (si me vuelve a tocar la mataré) por cogerle el brazo simplemente. Shinzon tiene auténtico ASCO por esta especie que le trató mal, pero no se da cuenta de que él hace lo mismo. Worf también tiene motivos para ser racista porque los romulanos mataron a familiares suyos, pero al final de la película entiende que no puede juzgar a una raza por el delito cometido por unos pocos individuos o uno solo. Al ver que Donatra y Suran les están ayudando en la batalla final con todo en contra dice: "han luchado con honor". En la novela de la peli incluso una médico romulana cura a Worf de una herida mortal y éste le da las gracias sinceramente por salvarle la vida (en la cama al abrir los ojos veía a una romulana que le sonreía). De las cosas más bonitas que he leído y lástima que no saliera esto en la película.
Otra tema que se afronta es sobre la vida artificial. Cuando el B-4 va a ser apagado y puede que para siempre el B-4 siente absoluto terror a ser desconectado, podemos verlo en sus ojos. Data además en la novela dice que eso es como la muerte para los humanos. Un androide cuando muere si tiene inteligencia artificial ¿tiene alma?. ¿Es ella inmortal?. ¿Va a algún tipo de paraíso o infierno?. ¿Ir a la nada si no hay vida después de la muerte?.
Si Shinzon hubiera visto que no se debe juzgar a una raza por el hecho de unos pocos o de uno solo de una raza, habría sido otra persona. La película cuenta magistralmente con el clon de Picard, porque teniendo la misma genética ambos, el mismo patrón cerebral, la misma sangre, el físico idéntico ¿Picard habría reaccionado igual teniendo la vida de su némesis?.