Yo he interpretado la película como una alegoría política anti-franquista (teniendo en cuenta la época en la que se hizo y quienes eran los integrantes de la Escuela de Barcelona; principalmente adheridos a la izquierda radical).

El doctor Fausto es un investigador, alguien que sabe más de la cuenta y que quiere seguir sabiendo más (libre-pensador, elemento subversivo). Las voces extraterrestres son la élite franquista (o el status-quo, que viene a ser lo mismo; externo y lejano pero con un poderoso influjo en cuerpos y mentes). La chica del principio (que representa los valores de libertad sexual, del Mayo del 68) pretendía avisarle (nos advierten de que corre peligro) pero al ser ¿rechazada? por Fausto (las voces pueden actuar como la consciencia de la gente; control mental político) es sumida a la destrucción por parte de las voces también.
Las voces ahora toman la apariencia de varias chicas con el intento de seducir a Fausto y así acabar con él; una fracasa al conocer las tentaciones prohibidas. No era suficiente, por lo que tienen que trasladar el espíritu del antiguo amor de Fausto (la revolución española) a otra chica. La operación tiene que llevarse a cabo a través de un interferómetro (Mefistófeles, el propio narrador que permanece siempre atrapado en entornos cerrados y que nos explica esta fábula en retrospectiva) que representa, quizás, la ineficiente burocracia.
Fausto es destruido, pero los emisarios se dejan llevar por las pasiones que permanecían reprimidas. La situación es neutralizada usando la institución de la familia. Ahora, ambos casados y encerrados (en el matrimonio, en la familia, en la España franquista) y con tres hijos (los cuales pueden simbolizar la continuación del status-quo o una nueva esperanza).

Hay más simbología, alguna no acabo de tener seguro que puede significar, pero creo que la idea principal era esta o, como mínimo, ser suficientemente abierta para que pueda dar pie a interpretaciones como esta.