La primera temporada es la más ingenua e interesante de todas, a veces aparecen fenómenos sobrenaturales como "barcos encantados" y demás, pero, por lo general, los episodios se basan en misiones de diplomacia y rescate e investigaciones científicas, adelantándose, en ese aspecto, a nuestros días, tocando temas como el calentamiento global, poco conocido a principios de los 90.
La misión divulgativa de esta temporada está siempre patente, los científicos suelen tener papeles muy importantes en las tramas y aprovechan cada ocasión para dar lecciones de ciencia la mayoría de las veces con base acertada, ayudando a mejorar nuestros conocimientos.

La segunda temporada es la más sobrenatural y fantástica de todas, para mí la más floja. Abundan los elementos de ciencia ficción y el submarino se llena de "rarezas" genéticas dando aspecto de "supergrupo", nos encontramos con una tripulación compuesto por telépatas y mutantes grandes y muy fuertes o que pueden respirar bajo el agua gracias a branquias implantadas. Si las tramas se hubieran quedado ahí, sería fácilmente pasable. Pero la abundancia de lo sobrenatural en esta temporada hace que te lo tomes bastante menos en serio, la rigurosidad científica se ve claramente mermada en esta temporada, lo que hacía interesante la serie en su primera temporada.
Esta temporada ha llegado hasta el punto de enfrentarse al Dios Poseidón, el descubrimiento de la Atlántida, y demás tonterías, demasiada magia para una serie donde la ciencia era uno de sus pilares principales de éxito.

La tercera temporada mejoró, aunque la serie ya estaba en decadencia, acelerado por la marcha del personaje insignia de la serie, el capitán Nathan Bridger (Roy Scheider). En esta temporada el SeaQuest ha estado desaparecido varias décadas, la tierra está sumergida en una Guerra Fría contra el poderoso y nuevo estado Micronesia, una guerra donde el fondo de los océanos podría ser la clave de la victoria. Cuando el SeaQuest vuelve a aparecer, los aliados ven en ella una gran oportunidad para desequilibrar la balanza en la guerra, se sustituyó al capitán por otro más condecorado y más versado en el combate, Michael Ironside, y cambió el SeaQuest en un submarino enteramente militar, por lo que desaparece toda trama científica en esta temporada. Pese a perder uno de sus pilares insignia (del que nunca se recuperaría) y enfocarlo todo hacia un punto de vista más militar, considero esta temporada superior a la segunda, con algunas historias medianamente interesantes.