La primera temporada trata del científico Adam Kane (John Sea) que dedica su vida a enmendar los errores cometidos por Genoma-X y ayudar a los mutantes con sus nuevos poderes, así como protegerlos del acoso de Mason Eckhart (Tom McCamus), que ha jurado proteger de la opinión pública los errores que ha cometido Genoma-X y encontrar y "borrar del mapa" a todos los mutantes, para ello, Eckhart crea una subdivisión de su empresa, llamada Agencia de Seguridad Genética (ASG). Pero Adam no está sólo, se ha rodeado de un grupo de mutantes poderosos, uno por cada "sub-especie" mutante que existe: un elemental, Brennan Mulwray (Victor Webster), genera rayos eléctricos. Una salvaje, Shalimar Fox (Victoria Pratt, de lejos el personaje más interesante y la mejor actuación), con sentidos, agilidad y fuerza felina. Un molecular, Jesse Kilmartin (Forbes March), que puede hacerse intangible (reduce su densidad molecular) o duro como la piedra (aumenta su densidad molecular). Y una psiónica, Emma DeLauro (Lauren Lee Smith), telémpata que puede percibir y manipular los sentimientos y emociones de los demás. Juntos son Mutante-X
La temporada es mala, el antagonista, Eckhart, es uno de los villanos más penosos que he visto. Los capítulos son muy superficiales y cutres (fue la temporada de menor presupuesto), con unos efectos especiales que pretendieron ser innovadores y al final son infumables. La temporada termina con la derrota final de Eckhart y Genoma X, y con la aparición de un mutante poderoso que pretende dominar el mundo Gabriel Ashlocke (Michael Easton, un actor penoso).

La segunda temporada mejoró en presupuesto, y tiene varios capítulos muy entretenidos y con bastante acción. Aún así la serie no tiene consistencia. Salvo algún que otro capítulo donde ayudan a mutantes o se descubre experimentos genéticos clandestinos gubernamentales. También, la imagen de "santo padre" de Adam flojea, descubriendo indicios de que dicho personaje tiene mucho que ocultar.

La tercera temporada es la más interesante de todas. Muere Emma y Adam desaparece. Mutante-X se encuentran sin rumbo cuando aparece Lexa Pierce (Karen Cliche), una mutante molecular capaz de manipular la luz. Conocida de Adam desde antes de la creación de Mutante-X. Aparece para liderar el grupo y volver a ponerlo en la órbita del Dominio. Una especie de organización gubernamental secreta, que se ocupa de los avances científicos más vanguardistas, aquellos que por su impacto social, sería peligroso que saliera a la luz pública hasta que la sociedad esté preparada. Eso incluye los mutantes y la investigación genética. Mutante-X pasa a ser un "brazo activo" del Dominio, pero pronto descubren que el propio Dominio está podrido por dentro. La serie no renovó para una cuarta temporada, dejándola inconclusa.